El municipi de Sant Joan les Fonts el formen tres nuclis de població: Sant Joan les Fonts -que dóna nom al municipi-, La Canya i Begudà.
El municipi es troba en el punt de confluència de les carreteres que uneixen Girona, amb Olot, Figueres i Camprodon. A més, és el pas obligat per als amants dels esports d'hivern que van a les pistes d'esquí de La Molina, Vallter o Andorra.
Seguint la Ruta de les Tres Colades, a banda de les espectaculars cingleres basàltiques que ressegueixen la Riera de Riudaura, també es poden observar alguns dels indrets de més interès del poble: el pont medieval -construït amb pedra volcànica- i el Molí Fondo, un espai d'interès per la seva arqueologia industrial i per la colada de lava que formava part de l'antiga resclosa.
Ja fora de la Ruta de les Tres Colades hi ha dos edificis d'interès remarcable: el Monestir Romànic i el Castell de Juvinyà, ambdues construccions declarades d'Interès Nacional.
Per una banda, el Monestir Benedictí és un conjunt arquitectònic del segle XII del que avui en podem veure l'església. Destaca per la bellesa de la seva arquitectura i per la decoració en relleu dels capitells i la pica baptismal.
Per l'altra, el Castell de Juvinyà, datat dels segles XII - XIV, és l'edifici romànic civil més antic de Catalunya. Situat vora el riu Fluvià, és una casa senyorial fortificada de dos cossos, la torre de defensa i l'edifici principal. El castell, també anomenat Estada Juvinyà, acull el Centre d’Interpretació del Territori de Sant Joan les Fonts.
Al municipi també trobem la torre Canadell -una fortificació situada a la serra de Vivers des d'on es domina tota la plana de la Garrotxa-, l’església de Santa Eulàlia de Begudà -del segle XII-, i el pont de Cossei, que és d'origen romànic.